
不動産を売却して譲渡利益が出た場合、譲渡所得税という税金が発生し、確定申告が必要です。ただ、不動産売却には3,000万円控除などの優遇措置もあり、活用すると譲渡所得税がかからないケースもあります。
そこでこの記事では、税理士が不動産売却を検討されている方に向け、不動産売却に関わる譲渡所得税の基礎知識や計算方法について、税額のシミュレーションも交えて詳しく解説します。また、相続した不動産を売却した場合など、特殊なケースについても分かりやすくご紹介します。
1. 譲渡所得税とは?

譲渡所得税とは、不動産などの売却益にかかる税金のことです。税額が大きくなるケースもあるので事前のシミュレーションが欠かせません。
1-1.譲渡所得税がかからないケース
取得費などより譲渡価額が低かった場合など、不動産を売却して赤字が出た場合は、所得税がかかりません。また、譲渡利益が出た場合も、一定の条件を満たせば「3,000万円の特別控除」などの特例が適用され、譲渡所得税がかからない場合があります。
2. 譲渡所得税の基礎知識と課税対象
不動産を売却したときに発生する「譲渡所得税」。ここでは、譲渡所得税の基本を分かりやすく解説します。
2-1.譲渡所得とは?他の所得との違い
譲渡所得とは、不動産などの資産を売却して得た利益のことです。土地や建物を売った金額から、取得費と譲渡費用を差し引いて計算します。譲渡所得以外の所得、例えば給与所得や不動産所得、事業所得とは、計算の方法もまったく別なので注意が必要です。
2-2.譲渡所得税が発生する主なケース
以下のようなケースでは譲渡所得が発生し、ケースに応じて税金の対象となります。
・相続によって取得した実家を売却した場合(被相続人から引き継いだ不動産を売却し利益が出たとき)
・自宅を新居への住み替えのために売却した場合(居住用でも売却益があれば課税対象)
・使っていなかった遊休地や空き地を売却した場合(資産価値が上がっていれば譲渡益が発生)
売却益が出た際は確定申告が必須ですが、要件を満たせば特例で税負担を軽減できる場合もあります。
2-3.長期と短期で変わる税率
譲渡所得は所有期間によって税率が変わります。
●短期譲渡所得(5年以下):所得税30%+住民税9%+復興特別所得税(所得税×2.1%)
●長期譲渡所得(5年超):所得税15%+住民税5%+復興特別所得税(同上)
ポイントは、「売却年の1月1日時点」で5年を超えているかどうかです。
2-4.控除制度を活用すれば税金がかからないことも
譲渡所得税の控除制度も重要です。例えば「マイホームの3,000万円控除」などを活用すれば、課税所得がゼロになり、実際には税金がかからないケースもあります。
2-5.税金の内訳と事前のシミュレーションを
譲渡所得税は「所得税+住民税+復興特別所得税」で構成されており、合計税率は最大で約40%近くになることもあります。売却前にしっかりと試算を行い、使える控除や特例がないか確認することで、余計な納税を防げます。
3. 譲渡所得税の計算方法を分かりやすく解説

実際いくら税金がかかるのか、計算方法を事前に知確認しておきましょう。今回は基本的な計算式から、取得費が分からない事例まで幅広く解説します。
3-1.譲渡所得の基本計算式
譲渡所得 = 売却価格 -(取得費 + 譲渡費用)- 特別控除
この「譲渡所得」に対して、所有期間に応じた税率をかけることで税額が決まります。
3-2.「取得費」とは?
取得費とは、不動産を購入したときの金額です。土地や建物の購入価格はもちろんのこと、設備費・改良費や、仲介手数料や登記費用、不動産取得税のほか、取得した際、借主を立ち退かせるために支払った立退料や、土地取得のための測量費も取得費に含まれます。建物については、購入価格(または建築費用)から、所有期中の減価償却費相当額を差し引いた金額になります。
3-3.「譲渡費用」とは?
譲渡費用とは、売却時にかかった費用のことです。例えば売却のために支払った仲介手数料、印紙代、測量費、借主立退料、建物解体費などが該当します。譲渡の際に受け取った請求書や領収書は、確定申告の際に必要になります。支払ったあとも捨てずに保管しておきましょう。
なお、譲渡費用に含まれるのは、売却に要した費用に限定されます。修繕費や固定資産税など、その資産の維持のためにかかった費用は含まれません。
3-4.古い不動産で取得費が分からないときは、概算取得費(売却価格の5%)という選択肢もアリ
古い不動産で、当時の購入価格が分からない場合は、「概算取得費」を使うことも認められています。特に代々相続で引き継がれた古い不動産については、購入当時の資料が残っていない場合が多く、「概算取得費」として、売却価額の5%を取得費とみなして計算する事例が多いです。この場合、一般的に、取得費が実際よりも少なく計算されることが多いため、所得税が高額になるケースが多いです。
3-5.実際のシミュレーションで確認
【前提】10年前に購入した土地の売却でシミュレーションをしてみます。
売却価格3,000万円、取得費2000万円、仲介手数料等100万、特別控除なしとします。
譲渡所得=3,000万円 -(2,000万円 + 100万円)= 900万円
税額=課税譲渡所得 900万円 × 20.315% = 183万円になります。
ちなみに、取得費が不明で概算取得費を使う場合、取得費は3,000万円 × 5% = 150万円となるため、譲渡所得は 2,750万円( = 3,000万円 -( 150万円 + 100万円 ))、税額は559万(譲渡所得 2,750万円 × 20.315%)と高額になります。
4. 3,000万円の特別控除とは?

不動産を売却する際、条件を満たせば最大3,000万円まで所得から差し引ける制度があります。上手に活用すれば、譲渡所得税がかからないケースも多いため、必ず確認しておきましょう。
4-1.制度の概要と根拠法令
この制度は「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」と呼ばれ、租税特別措置法第35条に基づく特例です。要件にあてはまれば、譲渡益が3,000万円以下の場合、課税所得がゼロになるため、不動産売却時の節税策として非常に有効です。
4-2.3,000万円特別控除が使える条件とは?
特例を受けるためには、以下の要件をすべて満たす必要があります。
●自身が住んでいる家屋を売るか、以前に住んでいた家屋や敷地等の場合には、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること
●家屋を取り壊した場合は、取り壊し後1年以内に譲渡契約を締結すること
●売却までの間に土地を貸していないこと
●売った年、その前年および前々年に、この特例やマイホームの買換え特例、マイホームの交換の特例、マイホームの譲渡損失の損益通算および繰越控除の特例の適用を受けていないこと
●売った家屋や敷地について、収用等の場合の特別控除など他の特例の適用を受けていないこと
●災害によって滅失した家屋の場合は、その敷地を住まなくなった日から3年目の年の12月31日までに売ること
●親族への売却や、特別な関係者との取引でないこと
なお、以下の家屋については、特例の適用を受けることができません。
●この特例の適用を受けることだけを目的として入居したと認められる家屋
●居住用家屋を新築する期間中だけ仮住まいとして使った家屋、そのほか、一時的な目的で入居したと認められる家屋
●別荘などのように主として趣味、娯楽または保養のために所有する家屋
4-3.控除により譲渡所得税がかからない例
上記の要件を満たす場合、売却益(譲渡所得)が3,000万円以内であれば、控除によって譲渡所得税がかかりません。具体的に事例を見てみましょう。
【事例】10年前に購入した自宅を売却
売却価格4,500万円、取得費2,500万円、仲介手数料等200万、特別控除の要件はすべて満たす
【譲渡所得の計算】
譲渡所得 = 売却価格4,500万円 -(取得費2,500万円 + 譲渡費用200万円)
= 4,500万円 - 2,700万円 = 1,800万円
この1,800万円に対して、「マイホームの3,000万円特別控除」が適用されるため、課税所得はゼロとなり、源泉所得税はかかりません。
4-4.適用手続きと必要書類
3,000万円の特別控除を受けるには確定申告が必須となります。仮に、この特例を適用することで税額が発生しないケースであったとしても、確定申告をして初めてこの特例制度が適用されるため、確定申告が必須です。また「譲渡所得の内訳書(確定申告書付表兼計算明細書)[土地・建物用]」を作成して、確定申告書に添付する必要があります。
譲渡所得を計算するため、必要な書類
・売買契約書(取得時、売却時)
・取得費用や譲渡費用の領収書
・登記簿謄本
4-5.共同名義・夫婦間での注意点
マイホームが共同名義の場合、譲渡所得の計算はそれぞれの持分に応じて計算します。3,000万円の特別控除額については、共有者全員で3,000万円ではなく、それぞれが3,000万円の特別控除を受けることができます。
なお、この特例はマイホーム(家屋)の特例です。家屋は単独所有で、土地だけを共同名義としている場合、土地だけの所有者は原則として、この特例の適用を受けられません。
5. 譲渡所得税が「かからない」代表的なケース
不動産を売却すると税金がかかるイメージがありますが、実は譲渡所得税が「かからない」ケースも数多くあります。ここでは代表的なケースをご紹介します。
5-1.3,000万円控除で課税ゼロになるケース
マイホームを売った場合、要件を満たせば3,000万円の特別控除が使えます。例えば、売却益(譲渡所得)が2,000万円の場合でも、控除を適用すれば課税所得はゼロになり、譲渡所得税はかかりません。なお、譲渡所得が3,000万円を超えた場合で3,000万特別控除の要件を満たす場合は、課税所得から特別控除3,000万円を除いた金額に対して課税されます。
5-2.不動産を損して売った(譲渡損)の場合
売却価格が、購入価格や諸費用の合計を下回った場合、そもそも譲渡所得がマイナス(譲渡損)の場合は当然、譲渡所得税は発生しません。
通常、損失の金額は、ほかの所得(事業所得や給与所得など)と相殺することはできません。しかし、譲渡した年の1月1日における所有期間が5年を超えるマイホームの譲渡損失については、一定の要件を満たせば、事業所得や給与所得など、ほかの所得と損益通算したり、3年間にわたり損失を繰り越せたりします。
5-3.課税対象外となる贈与や相続のケース
贈与や相続による取得・移転は原則として譲渡所得税の課税対象にはなりません。ただし、一定の金額(110万円の基礎控除など)を超えると、贈与税などの対象となります。
5-4.注意点
譲渡所得税がかからない場合でも、不動産売却には他の税金や、申告の義務が関わってくる可能性があります。具体的には譲渡損失であっても、当然、印紙税や登録免許税が発生します。
また、事業所得を有する個人事業主の場合は消費税の申告にも注意が必要です。土地の売買は消費税が非課税ですが、建物の売却は消費税の課税対象です。基準期間(前々年)の課税売上高(消費税の課税対象となる売上)が1000万円を超えている場合や、ご自身がインボイス番号を取得している場合は、建物の売却について消費税の申告・納税義務が発生し、思わぬ負担となることがあります。
6. 特殊ケースの対処法
それでは、次に特殊な事例をいくつか紹介します。
6-1.相続した不動産の売却:取得費加算の特例
相続した土地や建物を一定期間内に売却する場合に使えるのが「取得費加算の特例」です。すでに支払った相続税のうち一定の金額を、譲渡資産の取得費に加算することができます。
6-2.土地と建物を別々に売却する場合の注意
建物を取り壊して土地だけを売る場合や、建物付き土地を時間差で処分する場合、それぞれの譲渡日や所有期間の判定がずれるため、慎重な整理が求められます。
6-3.古い 不動産で取得費が分からないと
古い不動産で、購入当時の契約書や領収書がない場合は、「概算取得費(売却価格の5%)」や、建物の工事費や資料をもとに取得費を推定する方法も認められています。
6-4.太陽光付き・二世帯住宅の売却
太陽光発電の売電収入がある場合、住宅の一部が「事業用」とみなされることがあり、3,000万円控除が一部しか使えないケースがあります。また、二世帯住宅では、登記上の名義や利用実態によって3,000万控除の適用条件が変わるため、事前の確認が大切です。
7. よくある質問Q&A

7-1.Q1:住民票を移していないが自宅扱いになる
実際に居住していたことが確認できれば、自宅(居住用)として認められる可能性があります。
7-2.Q2:3,000万円控除は何回でも使える?
3,000万円特別控除を使える要件のひとつに「前年および前々年にこの特例の適用を受けていないこと」があるため、3年に1回であれば、何度でも使うことができます。
7-3.Q3:譲渡所得税はいつ・どこで申告する?
不動産を売却した翌年の2月16日~3月15日に、確定申告を行います。申告先は原則として自宅住所地の税務署です。e-Tax(電子申告)や郵送、持参のいずれでも申告可能です。
7-4.Q4:家を売って赤字だった場合の節税方法は?
所有期間が5年を超える土地や家屋を売却した場合などでは、一定の要件を満たすことで、ほかの所得(事業所得や給与所得など)と相殺して、税額を抑えることができます。
なお、その年に相殺しきれない損失の金額は、その後3年間にわたり、繰り越して控除することが可能です。そのため、損失が出た場合も、確定申告することで節税につながるケースがあります。
8. 譲渡所得税対策のチェックリスト

不動産を売却したあとに「こんなに税金がかかるなんて…!」と後悔しないためには、事前の対策が何より大切です。
8-1.売却前に「早めの試算」
まずは「いくら税金がかかるのか?」を把握するところからスタートすることが欠かせません。早めにシミュレーションして、おおよその税額を把握しておきましょう。
8-2.3,000万円控除の適用条件を確認!
マイホームを売却する場合、最大3,000万円の特別控除が使える可能性があります。居住実績や売却相手の関係、過去の控除適用歴など、要件をきちんと確認しましょう。
8-3.確定申告の期限は「2月中旬?3月中旬」
譲渡所得税は、売却した年の翌年2月16日?3月15日までに確定申告が必要です。
9. まとめ
不動産を売却すると、譲渡所得税がかかることがありますが、「マイホームの3,000万円控除」など、特例を活用すれば譲渡所得がかからないケースもあります。不動産売却時は、譲渡所得税の基礎知識と計算方法、適用できる特例、古い物件の扱いなどについて押さえておくことが欠かせません。売却前に、適用される税率や特例要件を把握しておくことが、節税のカギとなるでしょう。

税理士
京都大学卒業後、15年間上場企業の経理・税務などに従事。2024年に「なかがわまみ税理士事務所」を開業。2025年現在は西宮で、わかりやすい説明と、事業者にじっくり寄り添うことを念頭に、クラウド会計を活用した効率的な経理体制の構築支援に注力。税務調査や節税対策のサポートなども得意としている。
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