甲さんが2020年分の所得税につき3,000万円控除の適用を受けた場合には、2017年以後の各年分の所得税につき住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。この場合には2017年から2019年までの各年分の所得税の修正申告書を提出し、特別控除額に相当する税額を納付する必要があります。

(1)3,000万円控除の概要
個人が自己の居住用財産を譲渡した場合には、一定の要件を満たすことにより譲渡所得の金額の計算上、最高3,000万円を控除できる特例が設けられています。これが「3,000万円控除」です。

3,000万円控除の対象となる居住用財産には、①居住の用に供されなくなった日から同日以後3年を経過する日の属する年の12月31日までの間に譲渡した家屋と、②①の家屋とともに譲渡したその敷地の用に供されている土地等が含まれています（措法35条第2項2号）。

(2)住宅ローン特別控除の概要
①概要
個人が2021年12月31日までに、国内で住宅の用に供する家屋で床面積が50ｍ2以上などの要件を満たすものの新築等をし、その家屋をその個人の居住の用に供した場合において、その個人がその家屋の新築等に係る借入金（住宅借入金）の額を有するときは、一定の要件を満たすことにより、その居住の用に供した日の属する年以後10年間（原則）の各年のその個人の所得税の額から、住宅借入金の年末残高に基づく一定の金額が控除されます（措法41条）。

②居住用財産譲渡に係る特例の適用を受けた場合の住宅ローン特別控除の不適用
個人が新築等をした家屋（以下「新規住宅」）を居住の用に供した場合において、その居住の用に供した日の属する年（居住年）の翌年以後3年以内の各年中（注）に、新規住宅以外の資産を譲渡（以下「従前住宅の譲渡」）し、その従前住宅の譲渡につき3,000万円控除等の居住用財産の譲渡に係る特例の適用を受けるときは、その居住年以後の各年分につき、住宅ローン特別控除の適用を受けることができません（措法41条第21項）。

（注）2020年度税制改正により、2020年4月1日以後の従前住宅の譲渡につき、その譲渡の時期が下線部の通りに改められました。

③3,000万円控除の適用を受ける場合の修正申告
②の場合に、既に居住年以後の各年分について住宅ローン特別控除の適用を受けたときは、従前住宅の譲渡をした日の属する年分の確定申告期限までに、各年分の所得税の修正申告書又は期限後申告書を提出し、特別控除額に相当する税額を納付する必要があります（措法41条の3第1項）。

(3)本問へのあてはめ
甲さんによる港区のマンションの譲渡は、2(1)の居住用財産の譲渡に該当し、他の要件を満たすときには3,000万円控除の適用を受けることができます。

ただし、新規住宅（杉並の自宅）への居住年（2017年）の翌年以後3年以内の年（2020年）に従前住宅（港区のマンション）の譲渡をしたことになるので、2020年分の所得税につき3,000万円控除の適用を受けた場合は、(2)②より、2017年以後の各年分の所得税につき、住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。

この場合には、(2)③より、2020年分の確定申告期限までに2017年から2019年までの各年分の所得税の修正申告書を提出し、特別控除額に相当する税額を納付する必要があります。