非上場株式を含む資産一般を、法人が時価よりも低い譲受価額で取得した場合には、時価と譲受価額の差額が受贈益とされ、法人税の計算上、益金に算入されます（法人税法22条第2項、法人税法施行令119条第1項第26号）。このため、買主である法人が非上場株式の譲受価額を考える場合には、その株式の時価の把握が必要となります。

ご質問のように、個人（甲）とその長男が設立した法人（Y社）間の非上場株式（X社株式）の譲渡においては、上記のような税務上の問題を避けるため、国税庁通達に定められた方法に基づく評価額を時価として取扱うことが一般的です。この場合の非上場株式の税務上の時価の算定の考え方と方法をまとめると、次の２の通りとなります。

資産の中でも非上場株式は市場性がなく、また、法人が非上場株式を取得した場合の株式の税務上の時価の意義を直接的に定めた法令上の規定もありません。そこで実務上は、非上場株式の低廉譲渡等に係る対価の額を認識する場合の基準を定めた法人税基本通達2-3-4と、その通達が準用する法人税基本通達4-1-5または4-1-6により評価します。

具体的には、次の区分に応じ、それぞれに定める方法により非上場株式の税務上の時価を算定します。

(1)原則（法人税基本通達4-1-5）

(2)簡便法（財産評価基本通達の準用が認められる場合・法人税基本通達4-1-6）

前述(1)の非上場株式の税務上の時価は、売買実例があるなど特殊な場合を除き、通常は4の「1株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」となります。この4(または3)に該当する非上場株式の時価については、次の方法によることを条件に、財産評価基本通達の取引相場のない株式の評価の規定により算定することが認められます。ただし、この取扱いは課税上弊害がない場合に限られます。

２(2)は、実務上のいわば”簡便法”による非上場株式の時価の計算法です。この適用にあたっては、財産評価基本通達を準用することによる課税上の弊害が無いことが条件となります。弊害があると認められる場合には、原則的な評価方法である２(1)4の（時価）“純資産価額等”により、非上場株式の時価を計算することになります。この場合の「課税上弊害があるかどうか」は、個々具体的に判断されますので、財産評価基本通達を準用することによる譲受価額の計算に当たっては、十分な検討が必要です。