平成28年1月1日から、金融・投資所得につき一層の一体的課税を図るため、公社債の所得税に係る取扱いが、それに係る租税特別措置法(以下「新・租特法」と表記)の施行により２及び３の通り変更されます。

現行税制では、公社債の利子は預貯金の利子と同様に、源泉分離課税で課税が完結し(租特法3条)、その譲渡損益は非課税とされ(租特法37条の15①)、償還差益は原則として雑所得(所法35条、同法基本通達35-1)とされて総合課税の対象となっています。

それが28年1月1日以降、公社債の譲渡損益を非課税とする上記規定の定めがなくなり、公社債のうち特定公社債(下記囲み)については、新・租特法37条の11により、上場株式と一緒に「上場株式等」(新・租特法37条の11（2）。この用語の意味の中に、特定公社債が含まれる、ということです。紛らわしいですね。) とされて、同じ枠の中でそれらの譲渡損益、償還損益は通算 (通算ⅰ) されて申告分離課税の対象とされます (新・租特法37条の11（1）（3）) 。

特定公社債 (新・租特法3条（1）1、同37条の11（2）)には、(a)国債、地方債、外国国債、外国地方債、公募の公社債、上場されている公社債が含まれ、さらに、(b)平成27年12月31日以前に発行された公社債も原則として含まれますが、同日までに発行された社債でも、その発行の時において、法人税法2条第10号に規定する同族会社に該当する会社が発行したもの、例えば、同族会社の経営者又はその親族に発行した私募社債は特定公社債には含まれません。また、平成28年1月1日以降に発行された公社債は、(a)に該当しない限り含まれません。

また、公社債のうち、特定公社債の利子は、源泉分離課税ではなく、上場株式の配当などとともに「上場株式等の配当等」に含まれ、「上場株式等の配当所得等の金額」を構成して申告分離課税の対象となります(新・租特法3条（1）本文カッコ書き、同8条の4（1）)。

そして、通算iの後になお損失がある場合は、「上場株式等」の譲渡損失として、新・租特法37条の12の2（5）により、上記「上場株式等に係る配当所得等の金額」から控除する(通算する)ことができます(新・租特法37条の12の2（1）、同8条の4（1） 通算ii)。この控除(通算ii)のためには確定申告書を提出して所定の記載等をすることが必要です。

また、現行税制において、上場株式等の譲渡損(配当所得の金額から控除後)につき、確定申告により、3年間の繰り越しとその3年間の各年における上場株式等の譲渡所得の金額及び配当所得の金額から控除を認める制度(租特法37条の12の2（6）等)がありますが、28年1月1日からは、上記の取扱いの変更に伴い、特定公社債の譲渡損・償還損をも含めた上場株式等の譲渡損(特定公社債の利子をも含む配当所得等の金額から控除後)について、同様に確定申告により3年間の繰越控除が認められます(新・租特法37条の12の2（5）等)。

例えば、平成28年に、特定公社債の譲渡・償還によって50万円の損失が生じる一方、上場株式の譲渡益が20万円あり、特定公社債の利子と上場株式の配当が10万円あった場合、通算ⅰと通算iiにより、特定公社債の譲渡等に由来する損失が20万円残ります。その△20万円は、平成31年まで最大3年間繰越して、それらの年の上場株式や特定公社債の譲渡益等に係る譲渡所得の金額や上場株式の配当や特定公社債の利子(上場株式等の配当所得等の金額)から順次控除することが各年の確定申告によりできる、ということです。

また、特定公社債は上場株式などととともに、証券会社等の特定口座に受け入れることができる「上場株式等」とされ(新・租特法37条の11の3（1）)、いわゆる「源泉徴収あり」を選択届出する (新・租特法37条の11の4) こともできます。その場合は、新・租特法37条の11の5により(証券会社等によるその源泉徴収により課税を完結するため)確定申告をしないことを選択することもできます。

特定公社債以外の公社債の利子は、原則として、新・租特法3条1項により源泉分離課税となります。ただし、特定公社債以外の公社債となる同族会社が発行した私募債に係る利子は、その支払いが確定した日において、その支払いを受ける者がその同族会社の主たる株主(グループ)に属する居住者等である場合は、不適用となります(同項4号カッコ書き)から、その利子は総合課税の対象となります。